硕士论文在中国知网进行查重时，首先要将论文上传至知网系统，系统会自动进行查重比对，显示重复率和相似度。若重复率高，需要进行修改，确保论文通过查重。另外，也可以通过调整论文格式、修改语句结构等方式降低重复率。

另外，硕士论文查重还可以利用知网系统中的查重工具，如使用知网的反抄袭系统、引用检测等功能，帮助发现论文中可能存在的抄袭问题。同时，也可以参考知网查重的相关规定和建议，避免论文被认定为抄袭，保证学术诚信。